Der Hintersee entstand nach einem großen Erdbeben in den Hohen Tauern im Jahre 1495. Dieses Beben löste einen riesigen Bergsturz aus, der vom Hohen Herd ins Tal herabstürzte, einen gewaltigen Riegel bildete und den heutigen Hintersee aufstaute.
Der Hintersee ist mit rund 550 m Länge und bis zu 10 m Tiefe der größte der Mittersiller Seen. Er liegt malerisch im Vordergrund des Trogschlusses des Felbertales und besitzt dadurch eine einzigartige Umrahmung mit steilen, von Lawinengängen durchfurchten Felshängen, Waldbereichen, Almflächen und den ehemaligen Bergmähdern. Am südlichen Seeufer, wo die sich aufgliedernden Bachgerinne den See speisen, wachsen auf der Verlandungszunge z.B. Sumpfvergissmeinnicht, Sumpfdotterblume, Bachbunge, Schmalblättriges Wollgras und vieles mehr. Im Flachwasserbereich des Ufers bis zu einer Tiefe von 2 m bildet der Tannenwedel einen nahezu geschlossenen Gürtel. Es ist dies eines der wenigen Vorkommen dieser Pflanze in den Hohen Tauern.
Der Hintersee und sein Umfeld wurden im Jahr 1933 von der Salzburger Landesregierung zum "Naturdenkmal" erklärt und unter rechtlichen Schutz gestellt. Die ökologische und landschaftsästhetische Wertigkeit dieses Naturjuwels wird deutlich, wenn man erfährt, dass der Hintersee einer der ersten Lebensräume war, der durch diese Schutzkategorie im Lande Salzburg ausgezeichnet wurde.
An der Nordseite des Hintersees wurde im Jahr 1988 ein eindrucksvoller Nationalparklehrweg errichtet, der an Hand von übersichtlichen Schautafeln über die Besonderheiten des Sees und seiner Umgebung informiert.
